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南木林目前市面上常用的碳源：甲醇、乙酸、乙酸钠、面粉、葡萄糖、生物质碳源及污泥水解上清液等。在使用过程中，需要根据实际工程情况选择合适的碳源。
甲醇作为外碳源具有运行费用低和污泥产量小的优势，在甲醇碳源不足时，存在亚硝酸盐积累的现象。以甲醇为碳源时的反硝化速率比以葡萄糖为碳源时快3倍，其 碳氮比（COD：氨氮）为 2.8～3.2 。
但甲醇作为外加碳源时，有以下3点问题需关注：
甲醇易燃，为甲类危化品，储存和使用均有严格要求。特别是其储存需报当地公安部门备案审批，手续繁琐。
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高效复合碳源, 含微生物促升剂, 含微生物微量元素, 更适合微生物生长和繁育, 更加高效的处理水中污染物, 在细胞体内进行反硝化时作为电子供体, NOx-N 为电子受体, 其生化途径具有多条途径, 不会受到某些途径中关键酶的影响, 减少了碳源用于其它代谢途径的损耗。
在厌氧环境下, 通过发酵得到乙酸盐和丙酸盐, 同时将 VFAs 转化成 PAH, 并伴随着正磷盐的释放。其次, 厌氧条件下, 无论是否有正磷盐的释放, 有机高分子都将终被转化成PAH, 高效复合碳源通 过促进聚磷菌和反硝化聚磷菌在厌氧、南木林附近好氧交替状态下迅速生长, 使其好氧吸磷量大大超过厌氧释磷量, 即增强微生物对磷的内吸收, 并在好氧末端通过对富磷污泥的排放, 达到除磷的效果。
反硝化菌是属于异养型兼性厌氧菌, 在缺氧的条件下以 NOx-N 电子受体, 以有机物为电子供体, 反硝化菌利用碳源将亚硝酸盐氨, 硝酸盐氮还原成气态氨(N2). 高效复合碳源作为有机物为电子供本, 可有效的给反硝化菌提供能量, 加强反硝化反应进行脱氮。
南木林糖类碳源，以面粉、蔗糖、葡萄糖为主，由于葡萄糖是简单的糖，所以目前研究比较多。当碳源充足时，以葡萄糖为碳源的 碳氮比较甲醇为碳源时高得多，为 6∶1～7∶1。碳源对硝氮的比还原速率几乎没有影响，但是对亚硝氮的比积累速率影响较大，在研究中发现只有葡萄糖作为外加碳源时对亚硝氮的比累积速率没有影响。
以葡萄糖为代表的糖类物质作为外加碳源使得脱氮效果良好，可是，糖类作为多分子化合物，容易引起细菌的大量繁殖，导致污泥膨胀，增加出水中COD的值，影响出水水质，同时，与醇类碳源相比，糖类物质更容易产生亚硝态氮积累的现象。
但其弊端有二点：
需要现场配置成溶液，劳动强度大，投加精准性差，大型污水处理厂无法使用。
工业葡萄糖含杂质多，食品葡萄糖价格贵。
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